MAN 1 Kabupaten Gorontalo resmi berdiri pada 26 Februari 1979. Madrasah ini diinisiasi oleh Kepala Kantor Departemen Agama Kabupaten Gorontalo (Moh. Abd. Gani Usman, BA) dan kepala madrasah swasta saat itu, bermula dari satu kelas dengan 17 siswa yang berasal dari tiga kecamatan
1976: Langkah awal dirintis melalui usaha perbaikan Pendidikan Islam di bawah binaan Golkar. Kepala madrasah pertama saat itu dijabat oleh Drs. Barfis Rahim.
26 Februari 1979: Tanggal resmi pendirian madrasah atas prakarsa Moh. Abd. Gani Usman, BA. Awalnya, siswa madrasah berasal dari tiga wilayah kecamatan: Tilamuta, Bone Pantai, dan Limboto.
Perkembangan: Dari yang awalnya hanya memiliki 17 siswa, madrasah ini terus berkembang menjadi salah satu pusat pendidikan Islam unggulan di Kabupaten Gorontalo.
Saat Ini: MAN 1 Kabupaten Gorontalo Mempunyai Siswa 500 Lebih dan berlokasi di Kelurahan Kayumerah, Kecamatan Limboto, dan dilengkapi dengan berbagai fasilitas serta program unggulan modern seperti Tahfidhul Quran